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Relatamos recentemente que o nucleotídeo de pireno é preferencialmente inserido oposto a um sítio abásico, o 3'-T de um dímero de timina e a maioria das bases não danificadas pela polimerase de DNA de levedura eta (pol eta).Como o pireno é uma molécula apolar sem capacidade de ligação de H, as eficiências incomumente altas da inserção do dPMP são atribuídas à sua capacidade superior de empilhamento de bases e ressaltam a importância do empilhamento de bases na seleção de nucleotídeos por pol eta.Para investigar o papel da ligação H e da geometria do par de bases na seleção de nucleotídeos por pol eta, determinamos as eficiências de inserção dos nucleotídeos modificados por base 2,6-diaminopurina, 2-aminopurina, 6-cloropurina e inosina que faça um número diferente de ligações de hidrogênio com a base do modelo, dependendo da geometria do par de bases.O emparelhamento de bases Watson-Crick parece desempenhar um papel importante na seleção de análogos de nucleotídeos para inserção oposta a C e T, conforme evidenciado pela diminuição nas eficiências de inserção relativas com uma diminuição no número de ligações H de Watson-Crick e um aumento em o número de interações doador-doador e aceitador-aceitador.A seletividade da inserção de nucleotídeos é maior no lado oposto ao 5'-T do que ao 3'-T do dímero de timina, de acordo com trabalhos anteriores sugerindo que o 5'-T é mantido mais rigidamente do que o 3'-T.Além disso, a inserção de A oposta a ambos os Ts do dímero parece ser mediada pelo emparelhamento de bases Watson-Crick e não pelo emparelhamento de bases Hoogsteen com base nas eficiências de inserção quase idênticas de A e 7-deaza-A, o último dos quais carece de H- capacidade de ligação em N7.As eficiências relativas para inserção de nucleotídeos que podem formar pares de bases Watson-Crick são paralelas àquelas do fragmento Klenow, enquanto o fragmento Klenow discrimina mais fortemente contra incompatibilidades, de acordo com sua maior seletividade de forma.Esses resultados ressaltam a importância da ligação H e da geometria do par de bases Watson-Crick na seleção de nucleotídeos tanto pela pol eta quanto pelo fragmento Klen ow, e o menor papel da seleção da forma na inserção pela pol eta devido à sua forma mais aberta e menos sítio ativo restrito.