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A estrutura 3D previsível do DNA de fita dupla torna-o ideal como modelo para o design ascendente de sítios ativos baseados em ácidos nucleicos funcionalizados.Exploramos aqui o uso de um duplex de DNA 14mer como um andaime para o posicionamento preciso e previsível de funcionalidades catalíticas.Dada a participação onipresente do grupo imidazol à base de histidina no reconhecimento de proteínas e eventos de catálise, duplexes únicos modificados semelhantes à histidina foram investigados.Amarrar a histamina ao C5 da base timina por meio de uma ligação amida permite o posicionamento flexível da função imidazol no sulco principal.As interações mútuas entre o imidazol e o duplex e sua influência no pKaH do imidazólio são investigadas colocando uma única timina modificada em quatro posições diferentes no centro da dupla hélice 14mer.Usando RMN e dinâmica molecular irrestrita, é estabelecido um motivo estrutural envolvendo a formação de uma ligação de hidrogênio entre o imidazol e o lado Hoogsteen das bases guanina de dois pares de bases GC vizinhos.O motivo contribui para uma estabilização contra fusão térmica de 6°C e é chave na modulação do pKaH do grupo imidazólio.As características gerais, pré-requisitos e caráter genérico do novo motivo regulador de pKaH são descritos.