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A espectroscopia infravermelha foi usada para mapear as interações substrato-proteína: as mudanças conformacionais do retículo sarcoplasmático Ca(2+)-ATPase após a ligação do nucleotídeo e a fosforilação da ATPase foram monitoradas usando o substrato ATP e análogos do ATP (2'-desoxi-ATP, 3 '-desoxi-ATP e inosina 5'-trifosfato), que foram modificados em grupos funcionais específicos do substrato.As modificações no 2'-OH, no 3'-OH e no grupo amino da adenina reduzem a extensão da alteração conformacional induzida pela ligação da ATPase, com efeitos particularmente fortes observados para os dois últimos.Isso demonstra a sensibilidade estrutural do complexo nucleotídeo-ATPase para interações individuais entre nucleotídeo e ATPase.Todos os grupos estudados são importantes para a ligação e as interações de um determinado grupo ligante com a ATPase dependem das interações de outros grupos ligantes.A fosforilação da ATPase foi observada para ITP e 2'-desoxi-ATP, mas não para 3'-desoxi-ATP.Não há ligação direta entre a extensão da alteração conformacional após a ligação do nucleotídeo e a taxa de fosforilação, mostrando que a extensão total da alteração conformacional induzida por ATP não é obrigatória para a fosforilação.Conforme observado para o complexo nucleotídeo-ATPase, a conformação do primeiro intermediário fosforilado da ATPase E1PCa(2) também depende do nucleotídeo, indicando que os estados da ATPase têm uma conformação menos uniforme do que o previamente antecipado.